工资被扣一千元是否违法，法律上有明确依据。结合相关规定分析：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”《工资支付暂行规定》第十五条规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。” 若工资被扣一千元不属于上述法定代扣情形，且无劳动合同约定或合法有效的公司规章制度依据，用人单位行为即违法克扣工资。
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工资被扣一千元的处理，还需考虑特殊情况或例外情形：
1、用人单位因经营困难与劳动者协商一致暂时扣减工资。若用人单位确有经营困难，与劳动者协商一致扣减一千元工资并约定返还/补足方式和时间，且有双方签字确认的书面协议，则不违法；否则可能影响后续工资追回。
2、劳动者给用人单位造成重大经济损失且双方有明确约定。若劳动者因个人原因造成重大经济损失，且劳动合同明确约定赔偿方式和金额，用人单位按约定扣一千元工资作为赔偿，此时合法，但扣减后工资不得低于当地最低工资标准，否则仍属违法。
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工资被扣一千元是否违法，需结合具体情况判断：
1. 无合法依据扣减：既无劳动合同约定扣款情形，也无劳动者违反合法有效规章制度的情况，扣一千元违法。
2. 经济损失赔偿：劳动者因个人原因造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，扣一千元合法，但每月扣除部分不得超当月工资20%，且剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
3. 不合理扣款情形：用人单位以迟到、早退等为由扣一千元工资，且扣款行为无劳动合同或合法有效规章制度明确规定，或规定标准不合理，扣一千元违法。
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工资被扣一千元可能存在以下法律风险点：
1. 用人单位拒返风险：若劳动者存在迟到、旷工等违规行为，但用人单位扣除一千元工资超过规章制度合理范围，或规章制度本身不合法，用人单位仍以此为由拒返被扣工资，将引发法律风险。
2. 仲裁时效风险：若劳动者在知道工资被扣一千元后的一年内未及时申请劳动仲裁，后续申请可能因超仲裁时效被驳回，导致无法通过仲裁追回被扣工资。

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